La agricultura y la ganadería hacen su aparición en las comarcas de L’Alcoià y El Comtat hacia el año 5000 a.C., a partir de influencias mediterráneas que introducen una cultura material novedosa caracterizada por la aparición de la cerámica, la piedra pulida o los útiles de hueso. Junto a estas novedades del registro material aparecen los primeros vestigios de cereales y animales domésticos, iniciándose el Neolítico, periodo caracterizado por la aparición de la economía productiva por vez primera en la Historia. Algunos de los yacimientos destacados de estas poblaciones agrícolas y ganaderas son la Cova de l’Or (Beniarrés) y la Cova de la Sarsa (Bocairent) de donde proceden excepcionales vasos de cerámica con decoración cardial, realizada con la concha del Cardium edule.

Hacia el 3000-2500 a.C. se desarrolla el periodo Eneolítico; en este momento las cuevas dejan de ser los lugares de ocupación principales para dar paso a la generalización del hábitat en llanura, como se ha podido documentar en las terrazas aluviales de la cuenca alta del río de Alcoi, entre los que cabe citar el asentamiento de Les Jovades (Cocentaina) o Niuet (L’Alqueria d'Asnar).

Las cuevas serán empleadas en algunos casos como corrales i en otros son utilizadas como lugares de enterramiento colectivo durante el tercer milenio. Entre estas destacan las de Les Llometes, la Cova de la Pastora o la Cova Bolumini, donde se depositaron los restos funerarios acompañados de algunos ajuares con objetos de uso común; o piezas con significado religioso, como ídolos de hueso. Entre los restos humanos destacan algunos cráneos sometidos a trepanación, como el hallado en la Cova d’En Pardo (Planes de la Baronia).